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## Makefile to execute systemPipeR and generate PDF Report ##
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## Usage:
## (1) Change value assigned to 'MAIN" to base name of your *.Rmd source file 
## (2) To run workflow, execute from command-line 
##		$ make # or make all
## (3) To clean up directory, execute from command-line 
## 		$ make clean

## Define suffixes used for file interconversions
.SUFFIXES: .tex .pdf .Rnw .R .Rmd

MAIN = systemPipeR

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## Build PDF report with Rmd/Latex ##
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all: $(MAIN).pdf

.Rmd.pdf:
	Rscript -e "rmarkdown::render('$<', c('BiocStyle::pdf_document'))"

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## Build PDF report with knitr/Latex ##
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# all: $(MAIN).pdf 
#
# .Rnw.pdf:
#	R CMD Sweave --engine=knitr::knitr --pdf $<

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## Build PDF report with Sweave/Latex ##
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# all: $(MAIN).tex $(MAIN).R $(MAIN).pdf 
# 
# .Rnw.R:
# 	R CMD Stangle $<
# 
# .Rnw.tex:
# 	R CMD Sweave $<
# 
# .tex.pdf:
# 	pdflatex $<
# 	bibtex $*
# 	pdflatex $<
# 	pdflatex $<
 
########################
## Clean-up directory ##
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clean:
	rm -fv $(MAIN).aux $(MAIN).log $(MAIN).bbl $(MAIN).blg $(MAIN).out $(MAIN).toc $(MAIN).tex
	rm -fv $(MAIN)-*.pdf $(MAIN)-*.png $(MAIN)-*.jpg $(MAIN)-*.html
	rm -fv *~ 
