V Linuxu a Unixu je všechno souborem. adresáře jsou soubory, soubory jsou soubory a zařízení jsou soubory. Zařízení jsou obvykle odkazovány jako nódy; přesto jsou stále soubory.
Linuxové a Unixové souborové systémy jsou uspořádány do hierarchické stromové struktury. Všechny další soubory a adresáře existují pod rootovským (kořenovým) adresářem. Např. /home/jebediah/cheeses.odt ukazuje celou cestu k souboru cheeses.odt v adresáři jebediah, který je v adresáři home a ten je pod rootovským (/) adresářem.
Pod kořenovým (/) adresářem je sada důležitých systémových adresářů, které jsou bežné ve většině používaných linuxových distribucí. Následuje seznam běžných adresářů, které jsou přímo pod kořenovým (/) adresářem:
/bin - důležité binární aplikace
/boot - startovací konfigurační soubory, kernely a jiné soubory potřebné při startu
/dev - soubory zařízení
/etc - konfigurační soubory, startovací skripty, atp....
filename>/home
/initrd - použití při vytvoření upravených initrd startovacích procesech
/lib - systémové knihovny
/lost+found - poskytuje lost+found systém pro soubory, které existují v kořenovém adresáři
/media - připojená (načtená) přenosná média jako CD, digitalní kamery, paměťové karty, atd...
/mnt - připojené (mounted) souborové systémy
/opt - poskytuje umístění pro instalaci volitelných optional aplikací
/proc - speciální dynamický adresář, kde jsou udržovány informace o stavu systému včetně aktuálně spuštěných procesů
/root - domovský adresář správce systému, uživatele root (nazývaný \"slash-root\")
/sbin - důležité systémové binární soubory
/srv - může obsahovat soubory sdílené s jinými systémy.
/sys- syst
/tmp - dočasné soubory (temporary files)
/usr - aplikace a soubory většinou přístupné pro všechny uživatele
/var - proměnlivé soubory jako jsou logy a databáze