Di Linux dan Unix segala sesuatu adalah file. Direktori adalah file, file juga file, dan divais-divais juga merupakan file. Divais yang seringkali dirujuk sebagai inode; tetap saja, mereka dianggap sebagai file.
Sistem file di Linux dan Unix diorganisasikan secara hirarki, seperti struktur pohon. Level tertinggin dari sistem file adalah direktori root atau /. Semua file dan direktori yang lain berada dibawah direktori root. Sebagai contoh, /home/jebediah/cheeses.odt menunjukkan path lengkap ke file cheeses.odt yang berada di direktori jebediah, yang juga berada dibawah direktori home, dan semuanya berada dibawah direktori root (/).
Dibawah direktori root (/) sejumlah direktori-direktori penting bersama-sama membentuk distribusi Linux. Berikut ini adalah daftar direktori-direktori yang berada langsung dibawah direktori (/):
/bin - aplikasi-aplikasibiner penting
/boot - file-file konfigurasi boot, kernel, dan file lain yang dibutuhkan ketika sistem booting
/dev - berisi file-file device (divais) seperti /dev/tty, /dev/input/mice.
/etc - file konfigurasi, skrip startup, dll (etc)...
/home - direktori home bagi masing-masing user
/initrd - digunakan untuk mengkustomisasi initrd yang berjalan saat proses boot
/lib - pustaka-pustaka yang diperlukan oleh sistem
/lost+found - menyediakan sistem lost+found untuk file yang berada dibawah direktori root (/)
/media - partisi yang secara otomatis dimount di harddisk dan removable mediaseperti CD, kamera digital, dll.
/mnt - mounted filesistem secara manual di harddisk
/opt - menyediakan lokasi untuk aplikasi-aplikasi optional yang akan diinstal
/proc - direktori dinamis khusus yang menangani informasi mengenai kondisi sistem, termasuk proses-proses yang sedang berjalan
/root - direktori home bagi user root, diucapkan 'slash-root'. bedakan dengan /
/sbin - biner-binersistem yang penting, biasanya aplikasi-aplikasi bagi admin
/srv - can contain files that are served to other systems
/sys - berkas sistem (system)
/tmp - berkas sementara (temporary)
/usr - aplikasi dan berkas yang tersedia untuk digunakan untuk pengguna (users)
/var - berkas variabel seperti log dan basis data