V Linuxe a Unixe je všetko súborom. Adresáre sú súbormi, súbory sú súbormi, a zariadenia sú takisto súbormi. Zariadenia sa zvyknú označovať ako uzly; avšak, stále zostávajú súbormi.
Súboropvé systémy Linuxu a Unixu sú organizované v hierarchickej stromovej štruktúre. Najvyššia úroveň súborového systému je / alebo koreňový adresár. Všetky ostatné súbory a adresáre existujú pod koreňovým adresárom. Napríklad, /home/jebediah/cheeses.odt ukazuje správnu celú cestu k súboru cheeses.odt, ktorý sa nachádza v adresári jebediah, ktorý sa nachádza v adresári home, ktorý je priamo v koreňovom adresári (/).
V koreňovom adresári (/) sa nachádza skupina dôležitých adresárov spoločných pre väčšinu distribúcií Linuxu. Nasleduje zoznam bežných adresárov, ktoré sa nachádzajú priamo v koreňovom(/) adresári:
/bin - dôležité binárne programy
/boot - konfiguračné súbory, jadrá, a ďalšie súbory potrebné v čase spúšťania (bootovania) počítača
/dev - súbory zariadení (angl. device)
/etc - konfiguračné súbory, štartovacie skripty, atď (angl. etc).
/home -
home directories for different
users
/initrd - used when creating a customized initrd boot process
/lib - system libraries
/lost+found - provides a lost+found system for files that exist under the root (/) directory
/media - automatically mounted (loaded) partitions on your hard drive and removable media such as CDs, digital cameras, etc.
/mnt - manually mounted filesystems on your hard drive
/opt - provides a location for optional (3rd party) applications to be installed
/proc - special dynamic directory that maintains information about the state of the system, including currently running processes
/root - root user's home directory, pronounced "slash-root"
/sbin - dôležité systémové binárne súbory
/srv - môže obsahovať súbory, ktoré sú posielané serverom na iné systémy
/sys - systémové súbory
/tmp - dočasné (angl. temporary) súbory
/usr - programy a súbory, ktoré sú väčšinou prístupné pre všetkých používateľov (angl. users)
/var - variabilné súbory ako sú logy a databázy