W Linuksie i Uniksie wszystko jest plikiem. Katalogi są plikami, pliki są plikami oraz urządzenia są plikami. Urządzenia są zwykle nazywane węzłami; jednakże ciągle są plikami.
Systemy plików w Linuksie i Uniksie są zorganizowane w hierarchiczną strukture drzewa. Najwyższym poziomem systemu plików jest / albo katalog głowny (korzeń). Wszystkie inne pliki i katalogi istnieją w katalogu głównym. Na przykład, /home/jebediah/cheeses.odt pokazuje scieżkę do pliku cheeses.odt który jest w katalogu jebediah, który jest w katalogu home który z kolei jest w katalogu (/).
Poniżej katalogu / jest zestaw istotnych katalogów które są wspólne dla większośći dystrybucji Linuksa. Poniższa lista pokazuje wykaz katalogów, które są poniżej katalogu głównego:
/bin - ważne aplikacje binarne
/boot - pliki konfiguracyjne, kernele i inne pliki konieczne do zbootowania (załadowania) systemu.
/dev - pliki urządzeń
/etc - pliki konfiguracji, skrypty startowe, etc.
/home - katalogi domowe różnych użytkowników
/initrd - used when creating a customized initrd boot process
/lib - biblioteki systemowe
/lost+found - zapewnia system zgubione+znalezione dla plików znajdujących się w katalogu głównym (/)
/media - automatically mounted (loaded) partitions on your hard drive and removable media such as CDs, digital cameras, etc.
/mnt - manually mounted filesystems on your hard drive
/opt - provides a location for optional (3rd party) applications to be installed
/proc - specjalny katalog dynamiczny zawierający informacje o stanie systemu, wliczając w to bieżące procesy
/root - root user's home directory, pronounced "slash-root"
/sbin - ważne systemowe binaria
/srv - can contain files that are served to other systems
/sys - system files
/tmp - temporary files
/usr - applications and files that are mostly available for all users to access
/var - variable files such as logs and databases