Command line: [exonerate -m ungapped:trans ../scer_cad1.fa /media/Waterloo/Downloads/genomes/scer_s288c/scer_s288c.fa --bestn 3 --showcigar no --showvulgar no]
Hostname: [blackbriar]

C4 Alignment:
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         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds:[revcomp]
        Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
         Model: ungapped:codon
     Raw score: 2151
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  Target range: 1318047 -> 1319274

    1228 : ACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTTTG :    1174
           ThrGlyAlaVal***ProGluHisSerValSerArgGluLeu***LeuLeuPheCy
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           ThrGlyAlaVal***ProGluHisSerValSerArgGluLeu***LeuLeuPheCy
 1318048 : ACAGGAGCTGTCTAACCAGAGCACTCTGTAAGTCGCGAGCTTTGACTACTATTTTG : 1318102

    1173 : CAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATGTC :    1117
           sSerHisLeuTyrIleLeuPro***LeuLeuIleArgCysIleAsnHisLeuCysP
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           sSerHisLeuTyrIleLeuPro***LeuLeuIleArgCysIleAsnHisLeuCysP
 1318103 : CAGTCATCTGTACATTTTGCCTTGATTATTAATTCGCTGCATAAATCATCTATGTC : 1318159

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           roThrMetAsnIleLeuValGlyArgArgSerLeuArgGluCysGlySerLysThr
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           roThrMetAsnIleLeuValGlyArgArgSerLeuArgGluCysGlySerLysThr
 1318160 : CAACGATGAATATTTTGGTAGGGAGGAGATCTCTTCGAGAATGTGGTAGCAAGACG : 1318213

    1062 : CTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTCGA :    1006
           LeuPheHisSerIleTrpArgCys***CysValGlnLeuLeuGlnIleGlyPheGl
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           LeuPheHisSerIleTrpArgCys***CysValGlnLeuLeuGlnIleGlyPheGl
 1318214 : CTTTTCCATTCGATATGGCGCTGCTAATGTGTTCAATTGCTTCAGATTGGGTTCGA : 1318270

    1005 : ATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGATT :     949
           uLeuPhe***TyrGluLysGlnProProGluAlaProLysLeuGluIleSerAspS
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           uLeuPhe***TyrGluLysGlnProProGluAlaProLysLeuGluIleSerAspS
 1318271 : ATTGTTTTAGTATGAGAAGCAGCCACCGGAAGCACCGAAGCTAGAGATTTCTGATT : 1318327

     948 : CAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTTGG :     895
           erThrGlyGlyLeuLeuLeuSerArgIle***SerProTyrLeuAsnMetValTrp
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           erThrGlyGlyLeuLeuLeuSerArgIle***SerProTyrLeuAsnMetValTrp
 1318328 : CAACAGGTGGCTTGTTATTAAGTCGCATTTGATCTCCTTATTTGAACATGGTTTGG : 1318381

     894 : TCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGGGA :     838
           SerArgTyrThrCysGlyCysLysTyrTyrTyrThrGlySerLeuGlnGlnGlyGl
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           SerArgTyrThrCysGlyCysLysTyrTyrTyrThrGlySerLeuGlnGlnGlyGl
 1318382 : TCCCGATACACTTGCGGTTGCAAATATTATTACACTGGCTCCCTACAGCAAGGGGA : 1318438

     837 : AGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGGTC :     781
           uAlaArgTrpGlyIleLysTyrHisLeuLeuSerArgMetGluAspThrPheGlyG
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           uAlaArgTrpGlyIleLysTyrHisLeuLeuSerArgMetGluAspThrPheGlyG
 1318439 : AGCACGCTGGGGAATAAAGTATCATCTTCTGTCTCGTATGGAAGATACTTTTGGTC : 1318495

     780 : AATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGAGT :     727
           lnPheHisIleAspMetLeuThrTyrLeuPhePheGlnArgSerGlyValGlnSer
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           lnPheHisIleAspMetLeuThrTyrLeuPhePheGlnArgSerGlyValGlnSer
 1318496 : AATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGAGT : 1318549

     726 : GCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTCTA :     670
           AlaGluGluSerSerTyrGluCysArgAsnLeuLysLeuLeuAspGlnSerValTy
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           AlaGluGluSerSerTyrGluCysArgAsnLeuLysLeuLeuAspGlnSerValTy
 1318550 : GCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTCTA : 1318606

     669 : TCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTTTC :     613
           rHisTrpArgGlnAspArgAsp***AsnLeuAlaPheHisTyrHis***TyrPheA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rHisTrpArgGlnAspArgAsp***AsnLeuAlaPheHisTyrHis***TyrPheA
 1318607 : TCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTTTC : 1318663

     612 : GTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATTGG :     559
           rgHisArgTrp***ArgHisLeuPheAspPheArgGlyGluAsnProThrAsnTrp
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rgHisArgTrp***ArgHisLeuPheAspPheArgGlyGluAsnProThrAsnTrp
 1318664 : GTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATTGG : 1318717

     558 : TTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTTGA :     502
           LeuAsnTrpGluArgSerMetSerLeuCysSerThr***LeuSerHisSerLeuGl
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           LeuAsnTrpGluArgSerMetSerLeuCysSerThr***LeuSerHisSerLeuGl
 1318718 : TTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTTGA : 1318774

     501 : GTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTAGG :     445
           uCysAlaAlaValLeuLeuTyrLeuCysSerGlnSerCysPheHisLeuAsn***A
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           uCysAlaAlaValLeuLeuTyrLeuCysSerGlnSerCysPheHisLeuAsn***A
 1318775 : GTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTAGG : 1318831

     444 : CGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTTTT :     391
           laMetAlaIleProLeuGlnProCys***LeuLeuTyrLeuPheLeuPheArgPhe
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           laMetAlaIleProLeuGlnProCys***LeuLeuTyrLeuPheLeuPheArgPhe
 1318832 : CGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTTTT : 1318885

     390 : CCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCATCA :     334
           ProPheSerValValLeuAlaAspHisArgGlyArgLeuIlePhePheHisHisGl
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           ProPheSerValValLeuAlaAspHisArgGlyArgLeuIlePhePheHisHisGl
 1318886 : CCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCATCA : 1318942

     333 : GAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACATAG :     277
           nAsnSer***LeuTyrIleLeu***PheProThrValAsnPheLeuLysAsnIleV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           nAsnSer***LeuTyrIleLeu***PheProThrValAsnPheLeuLysAsnIleV
 1318943 : GAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACATAG : 1318999

     276 : TAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTACCC :     223
           alLysSerProTrp***SerTyrSerAlaHisLeuSerValLeuValThrLeuPro
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           alLysSerProTrp***SerTyrSerAlaHisLeuSerValLeuValThrLeuPro
 1319000 : TAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTACCC : 1319053

     222 : TCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAGCT :     166
           SerLeuAlaAsnSerSerPheTrpLeuLeuSerTyrLeuGlyThrLeuValGluLe
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           SerLeuAlaAsnSerSerPheTrpLeuLeuSerTyrLeuGlyThrLeuValGluLe
 1319054 : TCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAGCT : 1319110

     165 : GCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTGCC :     109
           uProTyrSerGlyGlnSerSerTyrSer***LeuGlnSerGlnSerPhePheCysL
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           uProTyrSerGlyGlnSerSerTyrSer***LeuGlnSerGlnSerPhePheCysL
 1319111 : GCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTGCC : 1319167

     108 : TGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTTCT :      55
           euValCysProProSerSer***ValPheHisLeuTyrLeuAlaThrPheAlaSer
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           euValCysProProSerSer***ValPheHisLeuTyrLeuAlaThrPheAlaSer
 1319168 : TGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTTCT : 1319221

      54 : TCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCA :       2
           SerCysHisLeuLeuAsnIlePheAlaAspLeuSerGluGlyTyrCysPro
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           SerCysHisLeuLeuAsnIlePheAlaAspLeuSerGluGlyTyrCysPro
 1319222 : TCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCA : 1319274


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   Query range: 0 -> 1230
  Target range: 1319275 -> 1318045

       1 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA :      55
           MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           MetGlyAsnIleLeuArgLysGlyGlnGlnIleTyrLeuAlaGlyAspMetLysLy
 1319275 : ATGGGCAATATCCTTCGGAAAGGTCAGCAAATATATTTAGCAGGTGACATGAAGAA : 1319221

      56 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA :     112
           sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           sGlnMetLeuLeuAsnLysAspGlyThrProLysArgLysValGlyArgProGlyA
 1319220 : GCAAATGTTGCTAAATAAAGATGGAACACCTAAGAGGAAGGTGGGCAGACCAGGCA : 1319164

     113 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT :     166
           rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rgLysArgIleAspSerGluAlaLysSerArgArgThrAlaGlnAsnArgAlaAla
 1319163 : GAAAAAGGATTGACTCTGAAGCTAAGAGTAGGAGGACTGCCCAGAATAGGGCAGCT : 1319110

     167 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT :     223
           GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           GlnArgAlaPheArgAspArgLysGluAlaLysMetLysSerLeuGlnGluArgVa
 1319109 : CAACGAGCGTTCCGAGATAGGAAAGAAGCCAAAATGAAGAGTTTGCAAGAGAGGGT : 1319053

     224 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT :     280
           lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           lGluLeuLeuGluGlnLysAspAlaGlnAsnLysThrThrThrAspPheLeuLeuC
 1319052 : AGAGTTACTAGAACAGAAAGATGCGCAGAATAAGACTACCACGGACTTTTTACTAT : 1318996

     281 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT :     334
           ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           ysSerLeuLysSerLeuLeuSerGluIleThrLysTyrArgAlaLysAsnSerAsp
 1318995 : GTTCTTTAAAAAGTTTACTGTCGGAAATTACAAAATATAGAGCTAAGAATTCTGAT : 1318942

     335 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA :     391
           AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           AspGluArgIleLeuAlaPheLeuAspAspLeuGlnGluGlnGlnLysArgGluAs
 1318941 : GATGAAAGAATATTAGCCTTCCTCGATGATCTGCAAGAACAACAGAAAAGGGAAAA : 1318885

     392 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA :     448
           nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           nGluLysGlyThrSerThrAlaValSerLysAlaAlaLysGluLeuProSerProA
 1318884 : CGAAAAAGGAACAAGTACAGCAGTTAGCAAGGCTGCAAAGGAATTGCCATCGCCTA : 1318828

     449 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA :     502
           snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           snSerAspGluAsnMetThrValAsnThrSerIleGluValGlnProHisThrGln
 1318827 : ATTCAGATGAAAACATGACTGTGAACACAAGTATAGAAGTACAGCCGCACACTCAA : 1318774

     503 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA :     559
           GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           GluAsnGluLysValMetTrpAsnIleGlySerTrpAsnAlaProSerLeuThrAs
 1318773 : GAGAATGAGAAAGTTATGTGGAACATAGGCTCATGGAACGCTCCCAGTTTAACCAA : 1318717

     560 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA :     616
           nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           nSerTrpAspSerProProGlyAsnArgThrGlyAlaValThrIleGlyAspGluS
 1318716 : TTCGTGGGATTCTCCCCCCGGAAATCGAACAGGTGCCGTTACCATCGGTGACGAAA : 1318660

     617 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA :     670
           erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           erIleAsnGlySerGluMetProAspPheSerLeuAspLeuValSerAsnAspArg
 1318659 : GTATTAATGGTAGTGAAATGCCAGATTTCAGTCTCGATCTTGTCTCCAATGATAGA : 1318606

     671 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC :     727
           GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           GlnThrGlyLeuGluAlaLeuAspTyrAspIleHisAsnTyrPheProGlnHisSe
 1318605 : CAGACTGGTCTAGAAGCTTTAGATTACGACATTCATAACTACTTTCCTCAGCACTC : 1318549

     728 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC :     784
           rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rGluArgLeuThrAlaGluLysIleAspThrSerAlaCysGlnCysGluIleAspG
 1318548 : TGAACGCCTGACCGCTGAAAAAATAGATACGTCAGCATGTCAATGTGAAATTGACC : 1318492

     785 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC :     838
           lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           lnLysTyrLeuProTyrGluThrGluAspAspThrLeuPheProSerValLeuPro
 1318491 : AAAAGTATCTTCCATACGAGACAGAAGATGATACTTTATTCCCCAGCGTGCTTCCC : 1318438

     839 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA :     895
           LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           LeuAlaValGlySerGlnCysAsnAsnIleCysAsnArgLysCysIleGlyThrLy
 1318437 : CTTGCTGTAGGGAGCCAGTGTAATAATATTTGCAACCGCAAGTGTATCGGGACCAA : 1318381

     896 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC :     952
           sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           sProCysSerAsnLysGluIleLysCysAspLeuIleThrSerHisLeuLeuAsnG
 1318380 : ACCATGTTCAAATAAGGAGATCAAATGCGACTTAATAACAAGCCACCTGTTGAATC : 1318324

     953 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA :    1006
           lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           lnLysSerLeuAlaSerValLeuProValAlaAlaSerHisThrLysThrIleArg
 1318323 : AGAAATCTCTAGCTTCGGTGCTTCCGGTGGCTGCTTCTCATACTAAAACAATTCGA : 1318270

    1007 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC :    1063
           ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           ThrGlnSerGluAlaIleGluHisIleSerSerAlaIleSerAsnGlyLysAlaSe
 1318269 : ACCCAATCTGAAGCAATTGAACACATTAGCAGCGCCATATCGAATGGAAAAGCGTC : 1318213

    1064 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA :    1120
           rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rCysTyrHisIleLeuGluGluIleSerSerLeuProLysTyrSerSerLeuAspI
 1318212 : TTGCTACCACATTCTCGAAGAGATCTCCTCCCTACCAAAATATTCATCGTTGGACA : 1318156

    1121 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA :    1174
           leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           leAspAspLeuCysSerGluLeuIleIleLysAlaLysCysThrAspAspCysLys
 1318155 : TAGATGATTTATGCAGCGAATTAATAATCAAGGCAAAATGTACAGATGACTGCAAA : 1318102

    1175 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG :    1230
           IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu***
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           IleValValLysAlaArgAspLeuGlnSerAlaLeuValArgGlnLeuLeu***
 1318101 : ATAGTAGTCAAAGCTCGCGACTTACAGAGTGCTCTGGTTAGACAGCTCCTGTAG : 1318046


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         Query: gi|296143771|ref|NM_001180731.1| Saccharomyces cerevisiae S288c Cad1p (CAD1) mRNA, complete cds:[revcomp]
        Target: gi|330443520|ref|NC_001136.10| Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence
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  Target range: 1318045 -> 1319275

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           LeuGlnGluLeuSerAsnGlnSerThrLeu***ValAlaSerPheAspTyrTyrPh
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           LeuGlnGluLeuSerAsnGlnSerThrLeu***ValAlaSerPheAspTyrTyrPh
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           ArgPheSerIleArgTyrGlyAlaAlaAsnValPheAsnCysPheArgLeuGlySe
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           rAsnCysPheSerMetArgSerSerHisArgLysHisArgSer***ArgPheLeuI
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rAsnCysPheSerMetArgSerSerHisArgLysHisArgSer***ArgPheLeuI
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           leGlnGlnValAlaCysTyr***ValAlaPheAspLeuLeuIle***ThrTrpPhe
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           leGlnGlnValAlaCysTyr***ValAlaPheAspLeuLeuIle***ThrTrpPhe
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           GlyProAspThrLeuAlaValAlaAsnIleIleThrLeuAlaProTyrSerLysGl
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           yLysHisAlaGlyGlu***SerIleIlePheCysLeuValTrpLysIleLeuLeuV
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           yLysHisAlaGlyGlu***SerIleIlePheCysLeuValTrpLysIleLeuLeuV
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     782 : TCAATTTCACATTGACATGCTGACGTATCTATTTTTTCAGCGGTCAGGCGTTCAGA :     729
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           alAsnPheThrLeuThrCys***ArgIleTyrPhePheSerGlyGlnAlaPheArg
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     728 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC :     672
           ValLeuArgLysValValMetAsnValValIle***SerPhe***ThrSerLeuSe
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           ValLeuArgLysValValMetAsnValValIle***SerPhe***ThrSerLeuSe
 1318548 : GTGCTGAGGAAAGTAGTTATGAATGTCGTAATCTAAAGCTTCTAGACCAGTCTGTC : 1318604

     671 : TATCATTGGAGACAAGATCGAGACTGAAATCTGGCATTTCACTACCATTAATACTT :     615
           rIleIleGlyAspLysIleGluThrGluIleTrpHisPheThrThrIleAsnThrP
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rIleIleGlyAspLysIleGluThrGluIleTrpHisPheThrThrIleAsnThrP
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     614 : TCGTCACCGATGGTAACGGCACCTGTTCGATTTCCGGGGGGAGAATCCCACGAATT :     561
           heValThrAspGlyAsnGlyThrCysSerIleSerGlyGlyArgIleProArgIle
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           heValThrAspGlyAsnGlyThrCysSerIleSerGlyGlyArgIleProArgIle
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     560 : GGTTAAACTGGGAGCGTTCCATGAGCCTATGTTCCACATAACTTTCTCATTCTCTT :     504
           Gly***ThrGlySerValPro***AlaTyrValProHisAsnPheLeuIleLeuLe
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           Gly***ThrGlySerValPro***AlaTyrValProHisAsnPheLeuIleLeuLe
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     503 : GAGTGTGCGGCTGTACTTCTATACTTGTGTTCACAGTCATGTTTTCATCTGAATTA :     447
           uSerValArgLeuTyrPheTyrThrCysValHisSerHisValPheIle***IleA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           uSerValArgLeuTyrPheTyrThrCysValHisSerHisValPheIle***IleA
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     446 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT :     393
           rgArgTrpGlnPheLeuCysSerLeuAlaAsnCysCysThrCysSerPhePheVal
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rgArgTrpGlnPheLeuCysSerLeuAlaAsnCysCysThrCysSerPhePheVal
 1318830 : GGCGATGGCAATTCCTTTGCAGCCTTGCTAACTGCTGTACTTGTTCCTTTTTCGTT : 1318883

     392 : TTCCCTTTTCTGTTGTTCTTGCAGATCATCGAGGAAGGCTAATATTCTTTCATCAT :     336
           PheProPheLeuLeuPheLeuGlnIleIleGluGluGly***TyrSerPheIleIl
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           PheProPheLeuLeuPheLeuGlnIleIleGluGluGly***TyrSerPheIleIl
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     335 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT :     279
           eArgIleLeuSerSerIlePheCysAsnPheArgGln***ThrPhe***ArgThr*
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           eArgIleLeuSerSerIlePheCysAsnPheArgGln***ThrPhe***ArgThr*
 1318941 : CAGAATTCTTAGCTCTATATTTTGTAATTTCCGACAGTAAACTTTTTAAAGAACAT : 1318997

     278 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC :     225
           *****LysValArgGlySerLeuIleLeuArgIlePheLeuPhe******LeuTyr
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           *****LysValArgGlySerLeuIleLeuArgIlePheLeuPhe******LeuTyr
 1318998 : AGTAAAAAGTCCGTGGTAGTCTTATTCTGCGCATCTTTCTGTTCTAGTAACTCTAC : 1319051

     224 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG :     168
           ProLeuLeuGlnThrLeuHisPheGlyPhePheProIleSerGluArgSerLeuSe
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           ProLeuLeuGlnThrLeuHisPheGlyPhePheProIleSerGluArgSerLeuSe
 1319052 : CCTCTCTTGCAAACTCTTCATTTTGGCTTCTTTCCTATCTCGGAACGCTCGTTGAG : 1319108

     167 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG :     111
           rCysProIleLeuGlySerProProThrLeuSerPheArgValAsnProPheSerA
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           rCysProIleLeuGlySerProProThrLeuSerPheArgValAsnProPheSerA
 1319109 : CTGCCCTATTCTGGGCAGTCCTCCTACTCTTAGCTTCAGAGTCAATCCTTTTTCTG : 1319165

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           laTrpSerAlaHisLeuProLeuArgCysSerIlePheIle***GlnHisLeuLeu
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           laTrpSerAlaHisLeuProLeuArgCysSerIlePheIle***GlnHisLeuLeu
 1319166 : CCTGGTCTGCCCACCTTCCTCTTAGGTGTTCCATCTTTATTTAGCAACATTTGCTT : 1319219

      56 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT :       1
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           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
           LeuHisValThrCys***IleTyrLeuLeuThrPheProLysAspIleAlaHis
 1319220 : CTTCATGTCACCTGCTAAATATATTTGCTGACCTTTCCGAAGGATATTGCCCAT : 1319275

-- completed exonerate analysis
