Field Detail

• sr

  public SurfaceReader sr

• doIterate

  public boolean doIterate

• volumetricOrigin

  public final javajs.util.P3 volumetricOrigin

• origin

  public final float[] origin

• volumetricVectors

  public final javajs.util.V3[] volumetricVectors

• voxelCounts

  public final int[] voxelCounts

• nPoints

  public int nPoints

• voxelData

  private float[][][] voxelData

• voxelMap

  private java.util.Map<java.lang.Integer,​java.lang.Float> voxelMap

• volumetricVectorLengths

  public final float[] volumetricVectorLengths

• maxVectorLength

  private float maxVectorLength

• minToPlaneDistance

  private float minToPlaneDistance

• yzCount

  private int yzCount

• unitVolumetricVectors

  public final javajs.util.V3[] unitVolumetricVectors

• volumetricMatrix

  private final javajs.util.M3 volumetricMatrix

• inverseMatrix

  private final javajs.util.M3 inverseMatrix

• thePlane

  private javajs.util.P4 thePlane

• thePlaneNormalMag

  private float thePlaneNormalMag

• ptXyzTemp

  private final javajs.util.P3 ptXyzTemp

• xmlData

  public java.lang.String xmlData

• mappingPlane

  public javajs.util.P4 mappingPlane

• mappingPlaneNormalMag

  float mappingPlaneNormalMag

• minGrid

  public float minGrid

• maxGrid

  public float maxGrid

• voxelVolume

  public float voxelVolume

• spanningVectors

  public javajs.util.V3[] spanningVectors

• isPeriodic

  public boolean isPeriodic

• isSquared

  private boolean isSquared

• edgeVector

  private final javajs.util.V3 edgeVector

• ptTemp

  private javajs.util.P3 ptTemp

Constructor Detail

• VolumeData

  public VolumeData()

Method Detail

• getVoxelData

  public float[][][] getVoxelData()

• setVoxelDataAsArray

  public void setVoxelDataAsArray​(float[][][] voxelData)

• hasPlane

  public boolean hasPlane()

• setMappingPlane

  public void setMappingPlane​(javajs.util.P4 plane)

• distanceToMappingPlane

  public float distanceToMappingPlane​(javajs.util.T3 pt)

• setVolumetricOrigin

  public void setVolumetricOrigin​(float x,
                                  float y,
                                  float z)

• getOriginFloat

  public float[] getOriginFloat()

• getYzCount

  public int getYzCount()

• getVolumetricVectorLengths

  public float[] getVolumetricVectorLengths()

• setVolumetricVector

  public void setVolumetricVector​(int i,
                                  float x,
                                  float y,
                                  float z)

• getVoxelCounts

  public int[] getVoxelCounts()

• setVoxelCounts

  public int setVoxelCounts​(int nPointsX,
                            int nPointsY,
                            int nPointsZ)

• getVoxelDataAt

  public float getVoxelDataAt​(int pt)

• getPointIndex

  public int getPointIndex​(int x,
                           int y,
                           int z)

• getPoint

  public void getPoint​(int ipt,
                       javajs.util.P3 pt)

• setVoxelData

  public void setVoxelData​(int pt,
                           float value)

• setVoxelMap

  public void setVoxelMap()

• setMatrix

  private boolean setMatrix()

• transform

  public void transform​(javajs.util.V3 v1,
                        javajs.util.V3 v2)

• setPlaneParameters

  public void setPlaneParameters​(javajs.util.P4 plane)

• calcVoxelPlaneDistance

  public float calcVoxelPlaneDistance​(int x,
                                      int y,
                                      int z)

• getToPlaneParameter

  public float getToPlaneParameter()

• isNearPlane

  public boolean isNearPlane​(int x,
                             int y,
                             int z,
                             float toPlaneParameter)

• distancePointToPlane

  public float distancePointToPlane​(javajs.util.T3 pt)

• voxelPtToXYZ

  public void voxelPtToXYZ​(int x,
                           int y,
                           int z,
                           javajs.util.T3 pt)

• setUnitVectors

  public boolean setUnitVectors()

• xyzToVoxelPt

  public void xyzToVoxelPt​(float x,
                           float y,
                           float z,
                           javajs.util.T3i pt3i)

• lookupInterpolatedVoxelValue

  public float lookupInterpolatedVoxelValue​(javajs.util.T3 point,
                                            boolean getSource)

• mantissa

  private float mantissa​(float f)

• getVoxelValue

  public float getVoxelValue​(int x,
                             int y,
                             int z)

• getFractional2DValue

  public static float getFractional2DValue​(float fx,
                                           float fy,
                                           float x11,
                                           float x12,
                                           float x21,
                                           float x22)

• indexLower

  private int indexLower​(float x,
                         int xMax)

  periodic grids should have val[0] == val[xMax] voxelCount: 1....2....3....4....5 xMax/index: 0....1....2....3....4.... nonper. ^ ---> [0,0] ^ --> [4, 4] periodic ^ ---> [3,4] ^ --> [0, 1]

  Parameters:

  x -

  xMax -

  Returns:

  lower index in range

• indexUpper

  private int indexUpper​(float x,
                         int xLower,
                         int xMax)

• offsetCenter

  void offsetCenter​(javajs.util.P3 center)

• setDataDistanceToPlane

  public void setDataDistanceToPlane​(javajs.util.P4 plane)

• filterData

  public void filterData​(boolean isSquared,
                         float invertCutoff)

• capData

  public void capData​(javajs.util.P4 plane,
                      float cutoff)

• setVolumetricXml

  public java.lang.String setVolumetricXml()

• setVoxelMapValue

  public void setVoxelMapValue​(int x,
                               int y,
                               int z,
                               float v)

  for sparse data mapping, as for a plane

  Parameters:

  x -

  y -

  z -

  v -

• calculateFractionalPoint

  public float calculateFractionalPoint​(float cutoff,
                                        javajs.util.P3 pointA,
                                        javajs.util.P3 pointB,
                                        float valueA,
                                        float valueB,
                                        javajs.util.P3 pt)