Field Detail

• params

  public Parameters params

• jvxlData

  public JvxlData jvxlData

• meshData

  public MeshData meshData

• volumeDataTemp

  public VolumeData volumeDataTemp

• meshDataServer

  public MeshDataServer meshDataServer

• atomDataServer

  public AtomDataServer atomDataServer

• marchingSquares

  public MarchingSquares marchingSquares

• version

  public java.lang.String version

• isValid

  public boolean isValid

• fileType

  public java.lang.String fileType

• bsVdw

  public BS bsVdw

• colorPtr

  private int colorPtr

• surfaceReader

  private SurfaceReader surfaceReader

• out

  private javajs.util.OC out

• readerData

  private java.lang.Object readerData

• vAB

  private final javajs.util.V3 vAB

• vNorm

  private final javajs.util.V3 vNorm

• ptRef

  private final javajs.util.P3 ptRef

Constructor Detail

• SurfaceGenerator

  public SurfaceGenerator​(AtomDataServer atomDataServer,
                          MeshDataServer meshDataServer,
                          MeshData meshData,
                          JvxlData jvxlData)

Method Detail

• setJvxlData

  public void setJvxlData​(JvxlData jvxlData)

• setProp

  public boolean setProp​(java.lang.String propertyName,
                         java.lang.Object value,
                         BS bs)

  Parameters:

  propertyName -

  value -

  bs -

  Returns:

  TRUE if handled

• newReader

  private SurfaceReader newReader​(java.lang.String name)

• newReaderBr

  private SurfaceReader newReaderBr​(java.lang.String name,
                                    java.io.BufferedReader br)

• getInterface

  private static java.lang.Object getInterface​(java.lang.String name)

• getSurfaceSets

  private void getSurfaceSets()

• processState

  private void processState()

• setReader

  private boolean setReader()

• generateSurface

  private void generateSurface()

• mapSurface

  private void mapSurface()

• colorIsosurface

  void colorIsosurface()

• getProperty

  public java.lang.Object getProperty​(java.lang.String property,
                                      int index)

  only called from org.openscience.jvxl.Jvxl.main

  Parameters:

  property -

  index -

  Returns:

  Object

• setFileData

  private SurfaceReader setFileData​(Viewer vwr,
                                    java.lang.Object value)

  Parameters:

  vwr -

  value -

  Returns:

  SurfaceReader

• getReaderData

  java.lang.Object getReaderData()

• initializeIsosurface

  void initializeIsosurface()

• initState

  public void initState()

• setLcao

  public java.lang.String setLcao()

• getFunctionZfromXY

  private void getFunctionZfromXY()

• distanceVerticalToPlane

  private float distanceVerticalToPlane​(float x,
                                        float y,
                                        javajs.util.P3 pta,
                                        javajs.util.P3 ptb,
                                        javajs.util.P3 ptc)

• findNearestThreePoints

  private static float findNearestThreePoints​(float x,
                                              float y,
                                              float[][] xyz,
                                              int[] result)

• addRequiredFile

  public void addRequiredFile​(java.lang.String fileName)

• log

  void log​(java.lang.String msg)

• setOutputChannel

  void setOutputChannel​(javajs.api.GenericBinaryDocument binaryDoc,
                        javajs.util.OC out)

• fillAtomData

  void fillAtomData​(AtomData atomData,
                    int mode)

• getSpanningVectors

  public javajs.util.V3[] getSpanningVectors()